许多人习惯购买外来菌种扩培并定期加入系统中，这并没有什么问题，只要能够买到正宗的菌种。但我更偏爱本地的环境中自然存在的菌种，它们更适应本地的气候环境，也更加的多样化。
光合细菌是水产养殖的重要菌种，它的好处不必多说，在种植业中，也有广泛的应用。很多人有一个误解，认为光合细菌需要光照才能够生存繁衍，其实在富含溶氧的环境中，它们并不需要阳光。由于光合细菌本身适合水生环境，并对分解有机物、有毒硫化氢和氨氮有重要作用，它非常适合在鱼菜共生系统中应用。
今天，便介绍一下采集本地水生微生物用的工具：1880年由维诺格拉茨发明的微生物基柱。
通过维诺格拉茨基柱这一个工具，我们可以采集当地水环境中的优势本地菌种，由于基柱中各深度的含氧量和营养物质比例的不同，这些本地菌种便会自然富集和分层。采集不同分层中的细菌作为菌种，便可以扩培这类细菌。紫色分层便是我们需要的光合细菌层。
制作的方法十分简单，需要的材料有：一个透明容器、水塘中的烂泥、一些碎鸡蛋壳、一个鸡蛋黄和少量碎纸片。
- 将一部分塘泥和所有材料充分混合，并装入容器中大约1/4-1/3的空间
- 再装入同样体积的塘泥
- 倒入同个地块采集的水
- 盖上盖子，不要拧太紧，以排出气体
- 将它放在能照射到阳光处
大约一个月后，你便能得到一瓶分层的细菌基柱，存放一年以上最佳。建议从多个地点采集塘泥和水，制作多个细菌基柱，以便保证成功率和获得最多样化的菌种。
有了采集到的本地光合细菌菌种，你就可以进行扩培了。用两个鸡蛋，加入1勺味精，4勺鱼露或者海盐，搅拌均匀便得到了光合细菌培养基。取塑料瓶装入鱼菜水，每升水中加入一勺培养基，摇晃瓶子混合均匀，放在阳光下，等到水变成紫色，便可以得到最终的产品。